童年兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面。
ICAC首席调查主任陆志廉（古天乐饰）与总调查主任程德明（郑嘉颖饰）共同调查走私贪污案，意外发现另一起涉及人口贩卖的海关贪腐大案。此案与恐袭集团首脑King及其幕后指使人肖卓亚（谢天华饰）有关，并牵涉多名香港海关高层领导，且似乎与受邀到香港、被JFIU廖保强（张智霖饰）秘密保护的亚洲首席大法官庞爱玛（宣萱饰）也有联系。暗流涌动、扑朔迷离，真相究竟何时浮现……
庄严的皇宫内，十二位以属相命名的大内密探肩负着贴身保护皇上的重任，其中高天九外号“灵灵狗”（古天乐饰）是一位满脑子充满奇想秒招的发明家。他靠各种“法宝”在保护皇上的过程中屡建奇功，但对于自己风情万种却功艺高强的未婚妻梅希望（大S饰）的一片痴心，“灵灵狗”的反应却表现的相当木讷。为了让这“灵灵狗”这个木瓜开窍，梅希望想出了一个试探“灵灵狗”的办法。深宫之类忠奸难辨，暗藏杀机。围绕公主选附马一事，各方面的力量都暗自勾结，企图谋权篡位并消灭以“灵灵狗”为首的大内密探，皇上安危遭受威胁，十二密探面临前所未有的挑战
倒卖人体器官集团的主脑洪文刚（古天乐饰）罹患严重心脏病，为了活命他甚至计划摘取亲弟弟洪文标（恭硕良饰）的心。为了完成卧底工作不惜身染毒瘾的志杰（吴京饰）随老大去码头劫持试图逃跑的洪文标，他的上司见叔叔陈国华（任达华饰）接到线报后也率队赶往现场，三方随即展开了激烈的交火。侥幸逃生的志杰被送到泰国一所监狱，而掌控这里的狱头（张晋饰）则与洪文刚有着千丝万缕的联系。女儿罹患血癌的狱警阿猜（托尼•贾饰）对志杰的真实身份生出许多疑惑，而之后他无意中发现了监狱里的可怕秘密。为了营救侄子，陈国华不远万里追到泰国。而洪文刚
廉政公署收到报案人廖雨萍（周秀娜饰）的实名举报，举报正在坐牢的富二代曹元元（林峯饰）涉嫌行贿监狱里的监督沈济全（谭耀文饰）以及惩教员，首席调查主任陆志廉（古天乐饰）决定深入虎穴，卧底狱中。在监狱里，被陆志廉送入监狱的前警司黄文彬（林家栋饰）以及曹元元两大帮派势成水火，陆志廉趁机接近曹元元取得信任。同时监狱外的廉政公署总调查主任程德明（郑嘉颖饰）、国内反贪局行动处处长洪亮（丁海峰饰）也陆港联手，通力合作，最终成功破获贪腐行贿大案。
香港证券商人罗敏生（刘青云饰）驱车上班途中遭遇车祸，这起看似平平常常的车祸却引来反恐队的关注。原来警方在罗的车内发现军用窃听器，反恐队长何智强（古天乐饰）怀疑有人正在策划恐怖袭击。随着何的调查，始终藏在暗处监视窃听的退伍军人司马念祖（吴彦祖饰）也渐渐浮出水面。与此同时，罗将被窃听的消息告诉了“地主会”的元老们，这是一群自70年代起便操纵香港金融的业界精英，如今更成为只手遮天的抢钱大亨。地主会遭人窃听，无疑预示着他们的各种黑幕将大白于天下。原以为只会是普通的勒索案，却将罗、何、司马等人卷入了万劫不复的漩涡之
大陆某部级高官涉嫌指派情妇来港洗钱，且金额巨大。为此，ICAC（廉政公署）陆志廉（古天乐饰）和JFIU（联合财富情报组）刘保强（张智霖饰）联合展开调查。可就在此时，陆被指控巨额财产来路不明，遭到廉政公署L组（内部纪律调查组）程德明（郑嘉颖饰）的调查，并最终得到停职的处分。为证明自己清白，陆志廉千方百计找到举报自己的女孩Eva（邓丽欣饰），发现这一切都与正在调查的洗黑钱案件息息相关。未过多久，中国反贪局侦查处处长洪亮（丁海峰饰）也来到香港，其矛头正是洗钱案的幕后首脑张部长（冯雷饰）。两岸联动，多部合作，与黑
情报科窃听小组三兄弟情同手足，梁俊义（刘青云饰）正直而又懦弱，在个人感情问题上托泥带水；杨真（古天乐饰）家境窘困，不仅要应付身患白血病儿子的随时可能出现的突发情况，而且自己也病入膏肓，命不久矣；林一祥（吴彦祖饰）年轻有为，满怀雄心，如今又“嫁入豪门”，前途不可限量。三兄弟在负责调查上市公司“风华国际”涉嫌内幕交易案起始，通力合作，出色的完成了布置各种偷听及监视仪器的工作。在继续的监听过程中意外获得一则情报，巨额利润诱惑之下，三人遂起贪念，在风起云涌的股市大赚一笔。事后三人又恐事情败露，利用职务之便销毁罪证
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