故事描绘了20XX年，突如其来的“通往异世界的门”在东京银座出现，从中涌出来了大量怪物和军队。而陆上自卫队在击退它们的同时，还赶赴了门另一边的“特区”。于是，担任了第叁侦察队指挥的二等陆卫的宅男伊丹耀司，与帮助被巨大炎龙袭击的村民们时，与精灵、魔导师和亚神等异世界的美少女们之间产生了奇妙的交流.
故事发生在一个与世隔绝的村庄——外场村。多年以来，村庄一直维持着最为古老的殡葬方式——土葬。这为一种名叫“尸鬼”的怪物的生成提供了得天独厚的良好环境。尸鬼，僵尸的一种，它们身强体壮但惧怕阳光，靠吸食人类血液为生，同时以将普通的人类变成尸鬼来扩充己方的实力，它们的目的只有一个，那就是彻底占领外场村。奇怪的事情在村子各处隐秘的发生着，谁也没有将它们联系到一起，当恐惧爆发的时候，一切都已经为时已晚。结城夏野（内山昂辉配音）是第一个发现尸鬼存在的人，而当他被尸鬼攻击后，却变成尸鬼的亚种“人狼”，人狼除了身体素质强
童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。
田中（小野贤章配音）是1-F班的学生，身体孱弱的他长着一副宛如女孩子般的秀气面孔，讲起话来亦细声细语，还常常讲到一半就因为体力不支而睡着。无论何时，田中都是一副迷迷糊糊的困倦模样，生活中任何麻烦的事情都和他无缘。长相有些凶恶的太田（细谷佳正配音）常常被人误认为是不良少年，但实际上，他却担任着田中身边“保姆”的职责，在生活之中对他照顾有加并且乐在其中。活泼开朗的元气少女宫野（高森奈津美配音）一直暗恋着大姐头越前（诹访彩花配音），为了能够成为和越前相配的同伴，宫野拜了田中为师，向他学习稳重慵懒之道。充满了欢乐
故事开端为第一季故事的七年之后。高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。终于，星野文奈、神木世界、高坂祐马三人组
活在自我世界中的乔西，遨游在自己感兴趣的绘画和书籍的海洋中。自幼便一直坐在轮椅上的她，某天在一个危险的斜坡上差点摔倒的时候，得到了大学生恒夫的帮助。专攻海洋生物学的恒夫，为了实现自己能够亲眼看一下只生活在墨西哥的梦幻鱼群的梦想，日夜不停地在进行着兼职打工。和乔西相依为命的祖母千津看到这样的恒夫，向他介绍了一份兼职工作。这份工作的内容就是听从乔西的要求，并想办法满足她。然而，固执且不善与他人交流的乔西对恒夫非常刻薄，而恒夫也没有在意乔西是个残疾人，直率地回应她。就这样逐渐地，双方的距离缩短，开始了解对方。在
矢代个性超M又变态的人，从不会让别人看透他的内心。某天身边来了一名叫做百目鬼力的随从兼保镖。虽然早早就下定决心，绝不对不会对部下出手，但矢代不知为何，被百目鬼所深深吸引。彼此怀抱着自己的伤痛而活着的两人，他们的故事即将开始。
半田清舟（岛崎信长配音）身为著名书道家半天清明的儿子，有着一段不同寻常的童年。半田拥有英俊的外表和聪慧的头脑，却偏偏性格内向不善言辞，接二连三的误会让他成为了同学们眼中的“怪咖”，而向来笨口拙舌的半田自然无法替自己正名，就这样，校园中关于“半田之壁”传说不胫而走，总是曲解他人好意的半田该如何翻身？总是戏弄半田的川藤鹰生（兴津和幸配音）、成绩优异具有领导气质的相泽顺一（广濑裕也配音）、样貌英俊总与半田较劲的二阶堂礼绪（柿原彻也配音）、身强体壮的肌肉男筒井茜（细谷佳正配音）、和半田境遇相似的近藤幸男（山下大辉
