第二集中,尼奥(基努·里维斯KeanuReeves饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下,找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥
玛格丽特(艾米丽·沃森 Emily Watson 饰)是一个恪尽职守的社工,一次偶然中,她发现了英国政府所隐瞒的一个残酷的秘密。在国家支持的福利中心里,有着近13万的孩子,政府捏造了他们的父母已经
尼奥(基努·里维斯KeanuReeves饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰)重回矩阵:在这里,一个是矩阵创造出来,周而复始的日常世界,另一个则是隐藏其后,真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假,尼奥不得不再次做出选择……