成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，莉可决定潜入阿比斯深处。被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，也为了寻找自己
自从连接异次元与当前世界的通道“门”突然出现后已过去十余年，世界上出现了被称为“猎人”的，觉醒了非凡力量的人们。猎人在门内攻略地下城以获取回报以维持生计，但在强者如云的猎人中，「水篠旬」作为被称作人类最弱武器的低级猎人生活着。某一天，遭遇了隐藏在低级地下城中的高级双重地下城后，身受重伤濒临死亡的水篠旬面前出现了神秘的任务窗口。死到临头，决定接受任务的水篠旬，成为了唯一能够「升级」的人——
平凡的高中生兔里於返家途中巧遇学生会长铃音及同班同学一树，不过这时三人却被突然出现的魔法阵吞噬，并转移至异世界去了。为了拯救王国免於魔王军的侵袭，三人以“勇者”的身分被召唤到这个世界──可是拥有勇者素质的只有一树与铃音，兔里纯粹是遭遭受了波及！不过自从兔里身上发现了稀有属性的“治愈魔法使”潜能後，情况一下子完全改观了。自称救命团团长的女性．罗丝强行带走兔里，逼迫他加入救命团。在那里等著兔里的是凶神恶煞的夥伴，以及利用“治愈魔法的错误使用法”进行训练的地狱生活──。打破常识的“回复要员”展开一连串的异世界奇
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